Siekiant įgyvendinti 2009 m. gruodžio 30 d. „Valstybinio audito ataskaitos  „Valstybės sienos apsaugos tarnybos veikla“ rekomendaciją, užtikrinti tinkamą Valstybės sienos  apsaugos tarnybos centrinės įstaigos darbo organizavimo pertvarkymą, tarnybos vadas įsakymu „Dėl valstybės sienos apsaugos tarnybos prie LR vidaus reikalų ministerijos struktūros schemos tvirtinimo“ patvirtino tarnybos struktūros schemą, tarnybos centrinės įstaigos naikinamų pareigybių sąrašą bei tarnybos centrinės įstaigos darbo organizavimo pertvarkymo priemonių planą, kurie įsigalios nuo 2011 m. liepos 1 d.

Pagal naujai patvirtintą VSAT centrinės įstaigos struktūrą, vietoje buvusių 10 valdybų liks 4, vietoje 5 savarankiškų skyrių liks 4, vietoje nesavarankiškų 26 skyrių liks 17, tuo pačiu mažės ir vadovaujančių tarnautojų skaičius – vietoje 65 vadovų liks 32, o bendrai tarnyboje centrinė įstaiga bus sumažinta apie 50 pareigybių (skaičiuojant nuo pareigybių, buvusių 2011 m. sausio 1 d.). Vykdant minėto plano priemones, centrinės įstaigos personalui pradėti teikti įspėjimo apie galimą atleidimą, pradėtos vykdyti kitos plane numatytos priemonės.

 Iki 2012 m. sausio 1 d. pagal panašų modelį, planuojama atlikti tarnybai pavaldžių įstaigų administracijų pertvarkymą. Konkretūs sprendimai dėl šių padalinių struktūrų, būsimų pareigybių skaičiaus ir kt. bus priimti pasibaigus centrinės įstaigos darbo organizavimo pertvarkai.