Įgyvendindamas Lietuvos policijos sistemos plėtros programos nuostatas, Policijos departamentas nuo 2007 metų nuosekliai vykdo policijos veiklos , finansinių ir materialinių resursų perorganizavimą. Siekdami sukoncentruoti specializuotose policijos įstaigose nacionalinės ir Europos Sąjungos reikšmės policijos funkcijas,  optimizuoti specializuotų policijos įstaigų skaičių, dar 2007 metais reorganizavome, t.y. sumažinome 12 specializuotų policijos įstaigų.

Jau baigtas ir vienas sunkiausių policijos sistemos reformos etapų - reorganizuotos teritorinės policijos įstaigos. Nuo 2008 m. spalio 1 d. vietoje veikusių 59-ių, įsteigta 10 teritorinių policijos įstaigų - apskričių vyriausiųjų policijos komisariatų. Patvirtinus naujas šių įstaigų struktūras, patikslinus funkcijas, sumažėjo administravimo padalinių pareigybių skaičius, atitinkamai šios pareigybės buvo perduotos kriminalinės bei viešosios policijos padaliniams. Taip pat policijos komisariatų vadovybės pareigybių skaičius sumažėjo 50. Centralizavus žmogiškųjų ir finansinių išteklių valdymą, apskričių vyriausieji policijos komisariatai tapo atsakingais už viešojo saugumo užtikrinimą apskrityse. Kaip jau parodė praktiką, šios reorganizacijos privalumai ypač pasiteisino šiuo ekonominio sunkmečio laikotarpiu.

Tobulinant viešosios ir kriminalinės policijos padalinių darbą, patvirtintos ir įgyvendinamos Viešosios tvarkos palaikymo, nusikalstamų veikų prevencijos funkcijų decentralizavimo ir nusikalstamų veikų atskleidimo ir tyrimo funkcijų perskirstymo bei Nusikalstamų veikų atskleidimo ir tyrimo organizacinės sistemos optimizavimo programos, kurių įgyvendinimas sudaro prielaidas optimizuoti nusikalstamų veikų atskleidimo ir tyrimo policijoje organizacinę sistemą, veiksmingiau panaudoti policijos turimus žmogiškuosius ir finansinius išteklius, sustiprinti nusikalstamų veikų atskleidimą ir tyrimą, užtikrinti policijos teikiamų paslaugų kokybę, tenkinti gyventojų lūkesčius.

Vykdant Specialiųjų policijos funkcijų optimizavimo programos nuostatas, vyksta Policijos mokyklos sujungimo su Lietuvos policijos mokymo centru, Lietuvos viešosios policijos rinktinės „Vytis" sujungimo su Viešosios policijos apsaugos tarnyba procesai. Numatyta likviduoti specializuotą policijos įstaigą - Lietuvos policijos žurnalo „Policija" redakciją.
Remiantis planuojamo atlikti policijos sistemos išorės audito nuostatomis, įvertinus funkcijų perskirstymo galimybių analizę, artimiausiu metu numatoma atlikti Policijos departamento, Lietuvos policijos eismo priežiūros tarnybos ir Lietuvos policijos logistikos centro vykdomų funkcijų perskirstymą.
Visus šiuos partvarkymus planuojama įvykdyti iki šių metų pabaigos.

Šiuo metu taupant finansinius resursus, įgyvendinamos kai kurių teritorinių policijos įstaigų areštinių likvidavimo priemonių plano nuostatos. Numatoma peržiūrėti miestų policijos komisariatų skaičių ir nustatyti vieningą šių policijos komisariatų struktūrą. Peržiūrimos transporto policijos komisariatų vykdomos funkcijos ir svarstomas klausimas dėl jų reorganizavimo.
Taip pat modeliuojama vieninga policijos komisariatuose budinčių operatyvinių grupių darbo tvarka ir sudėtis - apskrities policijos pajėgos bus pradėtos valdyti iš vieno operatyvaus valdymo padalinio.

Siekiant užtikrinti skaidrų ir efektyvų lėšų panaudojimą policijos sistemoje, pertvarkytos Policijos departamento ir policijos įstaigų vykdomos viešųjų pirkimų planavimo, vykdymo, turto valdymo funkcijos. Patvirtintas Policijos departamento viešojo pirkimo komisijos darbo reglamentas, supaprastintų viešųjų pirkimų, prekių, paslaugų ir darbų viešųjų pirkimų planavimo, organizavimo, atlikimo bei atskaitomybės taisyklės, kitos viešųjų pirkimų procedūros.

Užtikrinant racionalų policijos įstaigų transporto priemonių panaudojimą, patvirtintos Tipinės policijos įstaigų tarnybinių ir netarnybinių lengvųjų automobilių naudojimo taisyklės, kurios sugriežtino policijos transporto priemonių naudojimą, laikymą. Sumažinus limitus lengviesiems automobiliams, vien Policijos departamente ir kai kuriose specializuotose policijos įstaigose tarnybinių lengvųjų automobilių skaičius sumažintas 50 proc.

Patvirtintos ir jau įgyvendintos Policijos sistemos vidaus kontrolės sistemos nuostatos -  nustatyta visų kontrolės rūšių sistema, kuria siekiama užtikrinti policijos įstaigų veiklos teisėtumą, ekonomiškumą, efektyvumą, rezultatyvumą ir skaidrumą, strateginių tikslų ar kitų veiklos planų įgyvendinimą, turto apsaugą, informacijos ir ataskaitų patikimumą ir išsamumą, sutartinių ir kitų įsipareigojimų tretiesiems asmenims laikymąsi ir su tuo susijusių rizikos veiksnių valdymą.

Numatyta būtinybė optimizuoti ir teritorinių policijos įstaigų migracijos padalinių vykdomas policijai nebūdingas ir dažnai kitų vidaus reikalų įstaigų dubliuojamas funkcijas.
Policijos departamentas, siekdamas modernizuoti policijos organizacinę ir valdymo sistemą taip, kad ji veiktų maksimaliai efektyviai ir lanksčiai, optimaliai bei veiksmingai naudotų išteklius nuolat besikeičiančios aplinkos sąlygomis, įgyvendinant Europos Sąjungos struktūrinės paramos 2007-2013 metų laikotarpiui Žmogiškųjų išteklių plėtros veiksmų programos 4 prioriteto „Administracinių gebėjimų stiprinimas ir viešojo administravimo efektyvumo didinimas" įgyvendinimo priemones „Viešojo administravimo subjektų sistemos tobulinimas", "Viešųjų paslaugų kokybės iniciatyvos", „Valstybės institucijų ir įstaigų dirbančiųjų kvalifikacijos tobulinimas",  rengia valstybės projektus: susijusius su Policijos valdymo bei organizacinės struktūros tobulinimu, Policijos veiklos ir valdymo kokybės gerinimu, Policijos darbuotojų administracinių gebėjimų stiprinimu.